شبکهٔ زیستی ( شبکهٔ بیولوژیکی ) به هر شبکه ای گفته می شود که برای سیستم های زیستی مورد استفاده قرار می گیرد. یک شبکه به سیستمی گفته می شود که شامل زیربخش هایی باشد که به یکدیگر در غالب یک کل، پیوند داشته باشند، مانند گونه های مختلف که در شبکهٔ غذایی کل با یکدیگر در ارتباطند. شبکه های زیستی نمایش ریاضی ای برای ارتباطات موجود در مطالعات محیط زیستی، تکاملی و مطالعات فیزیولوژیکی همانند شبکه های عصبی را ارائه می دهند. [ ۱] تحلیل و کار روی شبکه های زیستی با توجه به بیماری های انسان، منجر به ایجاد حوزهٔ شبکهٔ دارویی شده است. [ ۲]
مطالعهٔ شبکه های زیستی، درک مدل آن ها، تحلیل و تجسم آن ها در علم امروز نقش بسیار مهمی دارد. درک این شبکه ها برای دید زیستی بهتر از داده های پیچیده و بسیار زیادی که در حال تولید شدن هستند بسیار ضروری است. تجسم و تصور شبکه از روش های بنیادینی است که به فهم شبکه های زیستی برای آشکار کردن ویژگی های مهم فرایندهای زیرلایهٔ بیوشیمیایی کمک می کند.
تعداد بسیاری از شبکه های زیستی مهم مربوط به مولکول هایی مانند DNA, RNA، پروتئین ها و ترکیبات مورد نیاز برای سوخت وساز سلول و فعل و انفعالات بین آن ها می باشد. شبکهٔ تنظیم ژن ها و هدایت سیگنال ها به ما می گوید هر ژن چگونه و بر اثر چه عواملی فعال یا سرکوب می شود و بوسیلهٔ آن می فهمیم کدام پروتئین ها در چه زمان مشخصی در سلول تولید می شوند. این تنظیمات توسط پروتئین های تنظیمی یا سیگنال های خارجی صورت می گیرد.
شبکه های ریستی بسیاری وجود دارد که در ادامه بیشتر توضیح داده شده است. نهایتاً تمام شبکه های مذکور شامل هدایت سیگنال ها، تنظیم ژن ها، تعاملات پروتئین با پروتئین و شبکهٔ سوخت و ساز با یکدیگر مرتبط اند و یک شبکهٔ بزرگ تر و پیچیده از تعاملات را برای بقا و ادامهٔ حیات سلول تشکیل می دهند.
شبکه های زیستی پیچیده می توانند به عنوان شبکه های محاسبه پذیر ارائه و تحلیل شوند. برای مثال، اکوسیستم به عنوان شبکه ای از گونه های مختلف می تواند در نظر گرفته شود، هم چنین پروتئین ها به عنوان شبکه ای از آمینواسیدها می باشند. چنانچه پروتئین ها را به ذرات کوچکتر بشکنیم، خود آمینواسیدها شبکه ای از اتم های به هم پیوند داده شده مانند کربن، نیتروژن و اکسیژن هستند. گره ها و لبه ها مولفه های پایه ای یک شبکه را تشکیل می دهند. گره ها همان واحدهای تشکیل دهندهٔ شبکه هستند در حالی که لبه ها ارتباطات بین این واحدها را مشخص می کنند. گره ها می توانند گسترهٔ وسیعی از واحدهای زیستی را شامل شوند، از جملهٔ آن ها می توان به انواع ارگانیسم یا یک عصب در مغز اشاره کرد. دو ویژگی مهم شبکه، درجه و میانی مرکزی می باشد. درجه ( میزان ارتباط، مفهومی متفاوت از کاربردش در نظریهٔ گراف ) به تعداد لبه هایی گفته می شود که به یک گره متصل هستند. در حالی که میانی مرکزی مشخص می کند که یک گره به چه اندازه در مرکز می باشد. گره های با میانی مرکزی بالاتر، به عنوان پل هایی بین بخش های مختلف شبکه در نظر گرفته می شوند ( برای دسترسی به بعضی از گره ها باید از این گره های با میانی مرکزی بالاتر عبور کرد ) . در شبکه های اجتماعی، گره های با درجه و مرکزی میانی بالاتر در ساختار و ترکیب کلی شبکه نقش مهمی ایفا می کنند.
این نوشته برگرفته از سایت ویکی پدیا می باشد، اگر نادرست یا توهین آمیز است، لطفا گزارش دهید: گزارش تخلفمطالعهٔ شبکه های زیستی، درک مدل آن ها، تحلیل و تجسم آن ها در علم امروز نقش بسیار مهمی دارد. درک این شبکه ها برای دید زیستی بهتر از داده های پیچیده و بسیار زیادی که در حال تولید شدن هستند بسیار ضروری است. تجسم و تصور شبکه از روش های بنیادینی است که به فهم شبکه های زیستی برای آشکار کردن ویژگی های مهم فرایندهای زیرلایهٔ بیوشیمیایی کمک می کند.
تعداد بسیاری از شبکه های زیستی مهم مربوط به مولکول هایی مانند DNA, RNA، پروتئین ها و ترکیبات مورد نیاز برای سوخت وساز سلول و فعل و انفعالات بین آن ها می باشد. شبکهٔ تنظیم ژن ها و هدایت سیگنال ها به ما می گوید هر ژن چگونه و بر اثر چه عواملی فعال یا سرکوب می شود و بوسیلهٔ آن می فهمیم کدام پروتئین ها در چه زمان مشخصی در سلول تولید می شوند. این تنظیمات توسط پروتئین های تنظیمی یا سیگنال های خارجی صورت می گیرد.
شبکه های ریستی بسیاری وجود دارد که در ادامه بیشتر توضیح داده شده است. نهایتاً تمام شبکه های مذکور شامل هدایت سیگنال ها، تنظیم ژن ها، تعاملات پروتئین با پروتئین و شبکهٔ سوخت و ساز با یکدیگر مرتبط اند و یک شبکهٔ بزرگ تر و پیچیده از تعاملات را برای بقا و ادامهٔ حیات سلول تشکیل می دهند.
شبکه های زیستی پیچیده می توانند به عنوان شبکه های محاسبه پذیر ارائه و تحلیل شوند. برای مثال، اکوسیستم به عنوان شبکه ای از گونه های مختلف می تواند در نظر گرفته شود، هم چنین پروتئین ها به عنوان شبکه ای از آمینواسیدها می باشند. چنانچه پروتئین ها را به ذرات کوچکتر بشکنیم، خود آمینواسیدها شبکه ای از اتم های به هم پیوند داده شده مانند کربن، نیتروژن و اکسیژن هستند. گره ها و لبه ها مولفه های پایه ای یک شبکه را تشکیل می دهند. گره ها همان واحدهای تشکیل دهندهٔ شبکه هستند در حالی که لبه ها ارتباطات بین این واحدها را مشخص می کنند. گره ها می توانند گسترهٔ وسیعی از واحدهای زیستی را شامل شوند، از جملهٔ آن ها می توان به انواع ارگانیسم یا یک عصب در مغز اشاره کرد. دو ویژگی مهم شبکه، درجه و میانی مرکزی می باشد. درجه ( میزان ارتباط، مفهومی متفاوت از کاربردش در نظریهٔ گراف ) به تعداد لبه هایی گفته می شود که به یک گره متصل هستند. در حالی که میانی مرکزی مشخص می کند که یک گره به چه اندازه در مرکز می باشد. گره های با میانی مرکزی بالاتر، به عنوان پل هایی بین بخش های مختلف شبکه در نظر گرفته می شوند ( برای دسترسی به بعضی از گره ها باید از این گره های با میانی مرکزی بالاتر عبور کرد ) . در شبکه های اجتماعی، گره های با درجه و مرکزی میانی بالاتر در ساختار و ترکیب کلی شبکه نقش مهمی ایفا می کنند.
wiki: شبکه های زیستی