جهش پذیرفته نقطه ای

جهش پذیرفته نقطه ای ( Point accepted mutation یا PAM یا Percent Accepted Mutation ) یک مجموعه از ماتریسها برای نمره دهی به هم ترازی توالی ها است. مارگارت دی هاف[ ۱] ماتریس PAM را در سال ۱۹۷۸ بر مبنای ۱۵۷۲ جهش مشاهده شده در ۷۱ خانواده باپروتئن های بسیار مرتبط معرفی کرد. [ ۲] هر ماتریس در سطرها و ستون های خود ۲۰ آمینو اسید دارد و هر درایه از ماتریس احتمال جایگزینی یک آمینو اسید با دیگری را مشخص می کند. این نوع ماتریس ها را به طور کلی ماتریس های جایگزینی می نامند.
این ماتریس در بیوانفورماتیک برای به دست آوردن ماتریس نمره دهی جهت ارزیابی شباهت دو دنباله به کار می رود. برای مثال احتمال ۱۸ درصدی جایگزینی آرژنین با لیسین در این ماتریس امتیاز ۳ را به همراه خواهد داشت. در محاسبات فرکانس ظهور آمینو اسیدها و مقادیر احتمالات از روی دنباله های شناخته شده به دست می آید. [ ۳]
ماتریس های PAM مفهوم مدل زنجیره مارکوف در جهش پروتئین را تداعی می کنند. [ ۴] [ ۵] ماتریس های PAM عادی سازی شده اند، برای مثال ماتریس PAM۱ احتمال جایگزینی هایی را نشان می دهد که یک جهش نقطه در هر ۱۰۰ آمینو اسید را تجربه کرده اند. جهش ها ممکن است هم پوشانی داشته باشند، در ماتریس PAM۲۵۰ باید در هر ۱۰۰ آمینو اسید ۲۵۰ جهش دیده شود اما تاکنون ۸۰ جهش مؤثر دیده شده است.
دستورات ژنتیکی هر سلول خود تکثیر شونده درون یک اندامگان زنده درون دی ان ای آن قرار دارند. [ ۶] در طول حیات سلول، این اطلاعات توسط مکانیسم های سلولی رونوشت میشوند تا پروتئین تولید شود و یا دستورات لازم برای سلول های دختر در هنگام تقسیم سلولی فراهم شود و در هنگام انجام این فرایند ها ممکن است دی ان ای تغییر کند. [ ۶] [ ۷] به این تغییر جهش گفته میشود. در سطح سلولی، ساز و کار هایی نظارتی وجود دارد که اکثر - نه همه - این تغییر ها را قبل از تکثیر دی ان ای اصلاح می کند. [ ۷] [ ۸]
یکی از جهش هایی که ممکن است در جایگزینی یک نوکلئوتید رخ دهد، جهش نقطه ای است. اگر یک جهش نقطه ای درون یک ناحیه بیان شده از ژن یا اگزون رخ دهد، رمز ژنتیکی مشخص کننده یک آمینو اسید خاص درون پروتئین تولید شده از روی ژن را تغییر خواهد داد. [ ۷] با وجود افزونگی های رمز ژنتیکی، این امکان وجود دارد که این جهش آمینو اسید های تولید شده در زمان ترجمه را تغییر دهد و در نتیجه ساختار پروتئین تغییر کند.