کیمیاگر تمام فلزی

دو برادر به نام های اِدوارد و آلفونسو الریک، پس از مرگ مادرشان تصمیم می گیرند که وی را با کیمیاگری حیات دوباره ببخشند. به علت «قانون تبادل برابر» در کیمیاگری، آلفونسو کل بدنش و اِدوارد یک پای خود را از دست می دهد، و خود فرایند زنده سازی نیز با شکست کامل مواجه می شود. اِدوارد فداکاری می کند و دست راست خود را قربانی کرده تا روح برادر خود را درون یک زره قرار دهد. دو برادر برای بدست آوردن بدن های سابقشان، در جستجوی سنگ کیمیاگری روستای محل تولدشان را ترک می کنند.
کیمیاگر تمام فلزی در شهری تخیلی به نام آمستریس ( アメストリス, Amesutorisu ) اتفاق می افتد. در این دنیا، کیمیاگری یکی از محبوب ترین علوم است. کیمیاگرانی که برای دولت کار می کنند بعنوان کیمیاگر ایالتی شناخته می شوند. به همین خاطر در ارتش درجه سرگرد را دارند. کیمیاگران به کمک اشکالی که دایره تبدیل نام دارد، توانایی خلق تقریباً هرچیزی که اراده کنند را دارند. اما برای این کار، طبق قانون مبادله یکسان باید چیزی به ارزش یکسان در اختیار داشته باشند. تنها چیزی که کیمیاگران اجازه تبدیل آن را ندارند، انسان و طلا است. در تاریخ هرگز اشاره ای به تبدیل موفقیت آمیز یک انسان نشده. کسانی که دست به همچین عملی می زنند یک عضو بدنشان را از دست می دهند و نتیجه کار هم یک موجود غیرانسانی است. این افراد با حقیقت مواجه می شوند، موجودی که جدا از تعاریف دینی تقریباً شبیه به خدا بنظر می رسد و تمام علم کیمیا را کنترل می کند. در این انیمه حقیقت شبیه خدایی درآمده که افراد خاطی در عمل کیمیاگری را تنبیه می کند.
این افراد همچنین از دروازه حقیقت عبور می کنند، و در این پروسه اطلاعات زیادی بدست میآورند، علاوه بر آن این توانایی را پیدا می کنند که بدون دایره تبدیل کیمیاگری کنند. با در دست داشتن سنگ کیمیا می شود قانون مبادله یکسان را تا حدودی دور زد، سنگی قرمز و مرموز. با این سنگ توانایی ساخت ابر انسان بدست میآید، موجوداتی نامیرا که پیر نمی شوند و تنها در صورتی می توان آنها را کشت که سنگ کیمیای آنها را نابود کنید.