وربست یا کانتیگ ( به انگلیسی: Contig ) قطعات پیوسته ای از توالی دی اِن اِی است که توسط بازسازی توالی خوانده های یک کروموزوم تولید می شود. در اصل کانتیگ به مانند نقشه ای از دی اِن اِی کروموزوم است که نقاطی که قطعات پیوسته با هم همپوشانی دارند را مشخص می کند. به طور کلی در یک کانتیگ از توالی نوکلئوتیدهای به دست آمده اطمینان داریم.
از آن جایی که دی اِن اِی یک کروموزوم، مولکولی طویل است لازم است برای توالی یابی و مطالعهٔ آن، دی اِن اِی را به قطعات کوچک تر تقسیم کنیم، سپس توالی قسمت های کوچک تر را بخوانیم ( به انگلیسی: read ) و از کنار هم قرار دادن آن ها با توجه به همپوشانی هایی که دارند، توالی دی اِن اِی اولیه را بیابیم. وربست یا کانتیگ مجموعه ای است از خوانده هایی یا قطعاتی طولانی تر از خوانده ها، از دی اِن اِی که با هم همپوشانی داشته و در کنار یکدیگر یک توالی مشترک از دی اِن اِی را می سازند. [ ۱]
در توالی یابی پایین به بالا کانتیگ به مجموعه ای از قطعات همپوشان در توالی داده گفته می شود. [ ۲] در توالی بالا به پایین کانتیگ به کلونهای همپوشانی که یک نگاشت از ژن را برای هدایت توالی و بازسازی توالی تشکیل می دهند، گفته می شود. [ ۳] هر چند در سال های اخیر در مقالات مختلف، تعاریف متفاوت و گاهی ناهماهنگ با هم بیان شده، [ ۴] در این جا به بررسی دو تعریف گفته شده در بالا پرداخته می شود.
در سال ۱۹۸۰ «استادن»[ ۵] بیان کرد: "برای این که صحبت دربارهٔ دادهٔ به دست آمده از تفنگ ساچمه ای را آسان کنیم واژهٔ "کانتیگ" را ابداع کردیم. یک کانتیگ مجموعه ای از ژن های خوانده شده است که با یکدیگر همپوشانی دارند. تمامی خواندن ژن ها به فقط و فقط یک کانتیگ تعلق دارد و هر کانتیگ حداقل شامل یک ژن خوانده شده است. مجموعهٔ این خوانده ها در یک کانتیگ می تواند یک توالی مشترک ساخته که طول آن برابر با طول کانتیگ است. "
یک توالی کانتیگ یک توالی مداوم است که از بازسازی قطعات کوچک دی اِن اِی توسط توالی یابی پایین به بالا به حاصل می شوند. این تعریف از کانتیگ با تعریف اولیه۸ «راجر استادن» ( ۱۹۷۹ ) مطابقت دارد. [ ۶] توالی یابی پایین به بالا شامل برش دادن ژنوم دی اِن اِی به قطعات کوچک تر ( "خوانده" ) ، توالی یابی این قطعات، بازسازی آن ها به کانتیگ و در نهایت به طول کل ژنوم است. از آن جا که فناوری های اخیر به ما تنها امکان توالی یابی از روی قطعات کوتاه دی اِن اِی ( به طول ۳۰۰ تا ۱۰۰۰ نوکلئوتید ) را می دهند، لازم است که قبل از توالی یابی، ژنوم به قطعات کوچک تقسیم شود. [ ۷] در توالی یابی بالا به پایین، دی اِن اِی تقویت شده به صورت تصادفی به قطعاتی به طول مناسب برای توالی یابی برش داده می شود. خوانده های دنباله دنباله، که توالی قطعات کوچک را شامل می شوند، در یک پایگاه داده درج می شوند. سپس نرم افزار توالی یابی[ ۷] در پایگاه داده به دنبال جفت های همپوشان می گردد. توالی یابی یه صورت جفت جفت باعث تولید شدن کانتیگ های طولانی تری از دی اِن اِی می شود. با چندین بار تکرار این مرحله، که در ابتدا شامل قطعات کوتاه تر و به مرور زمان شامل قطعات طولانی تر است، توالی کامل دی اِن اِی یک کروموزوم قابل تشخیص می شود.
این نوشته برگرفته از سایت ویکی پدیا می باشد، اگر نادرست یا توهین آمیز است، لطفا گزارش دهید: گزارش تخلفاز آن جایی که دی اِن اِی یک کروموزوم، مولکولی طویل است لازم است برای توالی یابی و مطالعهٔ آن، دی اِن اِی را به قطعات کوچک تر تقسیم کنیم، سپس توالی قسمت های کوچک تر را بخوانیم ( به انگلیسی: read ) و از کنار هم قرار دادن آن ها با توجه به همپوشانی هایی که دارند، توالی دی اِن اِی اولیه را بیابیم. وربست یا کانتیگ مجموعه ای است از خوانده هایی یا قطعاتی طولانی تر از خوانده ها، از دی اِن اِی که با هم همپوشانی داشته و در کنار یکدیگر یک توالی مشترک از دی اِن اِی را می سازند. [ ۱]
در توالی یابی پایین به بالا کانتیگ به مجموعه ای از قطعات همپوشان در توالی داده گفته می شود. [ ۲] در توالی بالا به پایین کانتیگ به کلونهای همپوشانی که یک نگاشت از ژن را برای هدایت توالی و بازسازی توالی تشکیل می دهند، گفته می شود. [ ۳] هر چند در سال های اخیر در مقالات مختلف، تعاریف متفاوت و گاهی ناهماهنگ با هم بیان شده، [ ۴] در این جا به بررسی دو تعریف گفته شده در بالا پرداخته می شود.
در سال ۱۹۸۰ «استادن»[ ۵] بیان کرد: "برای این که صحبت دربارهٔ دادهٔ به دست آمده از تفنگ ساچمه ای را آسان کنیم واژهٔ "کانتیگ" را ابداع کردیم. یک کانتیگ مجموعه ای از ژن های خوانده شده است که با یکدیگر همپوشانی دارند. تمامی خواندن ژن ها به فقط و فقط یک کانتیگ تعلق دارد و هر کانتیگ حداقل شامل یک ژن خوانده شده است. مجموعهٔ این خوانده ها در یک کانتیگ می تواند یک توالی مشترک ساخته که طول آن برابر با طول کانتیگ است. "
یک توالی کانتیگ یک توالی مداوم است که از بازسازی قطعات کوچک دی اِن اِی توسط توالی یابی پایین به بالا به حاصل می شوند. این تعریف از کانتیگ با تعریف اولیه۸ «راجر استادن» ( ۱۹۷۹ ) مطابقت دارد. [ ۶] توالی یابی پایین به بالا شامل برش دادن ژنوم دی اِن اِی به قطعات کوچک تر ( "خوانده" ) ، توالی یابی این قطعات، بازسازی آن ها به کانتیگ و در نهایت به طول کل ژنوم است. از آن جا که فناوری های اخیر به ما تنها امکان توالی یابی از روی قطعات کوتاه دی اِن اِی ( به طول ۳۰۰ تا ۱۰۰۰ نوکلئوتید ) را می دهند، لازم است که قبل از توالی یابی، ژنوم به قطعات کوچک تقسیم شود. [ ۷] در توالی یابی بالا به پایین، دی اِن اِی تقویت شده به صورت تصادفی به قطعاتی به طول مناسب برای توالی یابی برش داده می شود. خوانده های دنباله دنباله، که توالی قطعات کوچک را شامل می شوند، در یک پایگاه داده درج می شوند. سپس نرم افزار توالی یابی[ ۷] در پایگاه داده به دنبال جفت های همپوشان می گردد. توالی یابی یه صورت جفت جفت باعث تولید شدن کانتیگ های طولانی تری از دی اِن اِی می شود. با چندین بار تکرار این مرحله، که در ابتدا شامل قطعات کوتاه تر و به مرور زمان شامل قطعات طولانی تر است، توالی کامل دی اِن اِی یک کروموزوم قابل تشخیص می شود.
wiki: کانتیگ