پی دی بی سام

پی دی بی سام ( انگلیسی: PDBsum ) یک پایگاه داده است که نگاهی اجمالی به محتویات و ساختار درشت مولکول هایی است که در بانک داده پروتئین نگهداری می شود. [ ۱] [ ۲] [ ۳] [ ۴] نسخهٔ اصلی این پایگاه داده حوالی سال ۱۹۹۵ میلادی، توسط رومن لاسکوفسکی و همکاران در کالج دانشگاهی لندن ایجاد شد. [ ۵]
هر ساختار پروتئینی در این پایگاه داده، دارای یک تصویر ( از جلو، از بالا و از پائین ) ، محتوای مولکولی ترکیب شیمیایی، طرح واره ای از واکنش آنزیمی احتمالی، تکالیف عملکردی هستی شناسی ژن، توصیف دقیق توالی یک دالتونی دومین توسط پی فم و اینترپرو، شرحی از مولکول های اتصالی، تصاویری از واکنش میان پروتئین و ساختارهای ثانویه، نمودار شماتیک از تعامل پروتئین - پروتئین، تحلیل شکاف های درون ساختمان پروتئین و پیوندهای اینترنتی به پایگاه های داده های دیگر است. [ ۶]
در این پایگاه داده، از نرم افزارهای گرافیک مولکولی راس مول و جی مول جهت نمایش سه بعدی مولکول ها و تعامل شیمیایی میان آنها استفاده شده است. [ ۵]
از زمان انتشار پروژه ۱۰۰۰ ژنوم در اکتبر ۲۰۱۲ میلادی، تمامی گونه های مختلف اسید آمینه شناخته شده توسط این پروژه، به دقت به توالی پروتئین مربوط به خود در بانک داده پروتئین ارتباط داده شده است. این گونه ها در پی دی بی سام نشان داده شده و با شناسهٔ مرتبط به خود در یونی پروت ارجاع داده شده است. [ ۶] پی دی بی سام حاوی ساختارهایی است که ممکن است در داروپردازی به کار آیند. یکی از شاخه های این پایگاه داده به نام «دراگ پورت» ( DrugPort ) بر روی این مدل ها تمرکز دارد و با دراگ بنک هم مرتبط است. [ ۶] [ ۷]