در ۱۳۶۵ ش یک مرکز تحقیقاتی با نام مرکز تحقیقات فیزیک نظری و ریاضیات به تصویب رسید و در ۱۳۶۸ رسماً آغاز به کار کرد. با توجه به گسترش فعالیت و حوزه های تحقیق، این مرکز در ۱۳۷۶ به پژوهشگاه دانش های بنیادی تبدیل شد. این پژوهشگاه دارای پژوهشکده های فیزیک، ریاضیات، علوم شناختی، علوم ناتو، علوم کامپیوتر، فلسفۀ تحلیلی، ذرّات و شتابگرها، و نجوم و اخترفیزیک است. مدیریت این پژوهشگاه براساس محوریت محقق، استقلال مدیریتی واحدهای پژوهشی و انعطاف پذیری در تأسیس و انحلال آن ها طراحی شده است. پژوهشگاه وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است و ارکان آن عبارت اند از هیئت امنا، رئیس، و شورای علمی پژوهشگاه. از اهداف پژوهشگاه می توان به بررسی و شناسایی نیازهای پژوهشی در زمینه دانش های بنیادی، ایجاد زمینه های مناسب برای جذب پژوهشگران ایرانی، کمک به پرورش محقق و بالاخره ایجاد ارتباط فعال و سازنده، با جوامع علمی در داخل و خارج کشور اشاره کرد. این پژوهشگاه متولی ساخت رصدخانۀ ملی ایران، مجری طرح های CERN (بزرگ ترین مجموعه آزمایشگاهی دنیا در زمینه فیزیک هسته ای و ذرات بنیادی در ژنو)، GRID (روش محاسبات گسترده علمی)، شتابگر ملّی و ثبت دامنۀ .ir می باشد. محققان این پژوهشگاه موفق به دریافت جوایز ملی و بین المللی شده و در دو دورۀ متوالی، پژوهشگاه موفق به کسب عنوان پژوهشگاه برتر شده است.
wikijoo: پژوهشگاه_دانش_های_بنیادی