هم ترازسازی ساختاری، تلاشی جهت یافتن تشابه در ساختار فضایی دو یا چند پلیمر است. این فرایند معمولاً روی ساختار سوم پروتئین اعمال می شود اما می تواند روی مولکول های بزرگ RNA نیز انجام شود. هم ترازسازی ساختاری ابزاری مناسب برای مقایسه میان پروتئین هایی است که دنباله آمینواسیدی آن ها، شباهت کمی با یکدیگر دارد. جایی که تکنیک های مبتنی بر بررسی دنباله ها برای تطابق پروتئین ها نمی تواند شباهت ها و روابط تکاملی میان ساختارها را به سادگی پیدا کند.
هم ترازسازی ساختاری می تواند برای مقایسه دو یا بیش تر از دو ساختار استفاده شود. از آن جایی که این روش از اطلاعات سه بعدی ساختارها استفاده می کند، این روش تنها روی ساختارهایی قابل اجرا است که شکل سه بعدی آن ها به طور کامل شناخته شده باشد. ساختارهای فضایی معمولاً به وسیله بلورشناسی پرتو ایکس یا طیف سنجی تشدید مغناطیسی هسته ای به دست می آیند.
به کمک این روش، این امکان وجود دارد که میان ساختار دقیق فضایی یک پروتئین و ساختار پیش بینی شده آن توسط روش های پیش بینی ساختار پروتئین، هم ترازسازی ساختاری انجام داد. از نتیجه این آزمایش می توان میزان دقت و درستی ساختارهای پیش بینی شده را ارزیابی کرد. [ ۱]
خروجی یک تراز ساختاری، یک ترکیب از مجموعه های مختصات اتمی و حداقل انحراف مقدار مؤثر بین ساختار هاست. حداقل انحراف مقدار مؤثر میزان واگرایی دو ساختار نسبت به یکدیگر را معین می کند، به این معنی که هر چه این اختلاف کمتر باشد، دو ساختار به یکدیگر شبیه ترند و در غیر این صورت تفاوت بیشتری با یکدیگر دارند.
کمترین داده تولید شده پس از این فرایند، مجموعه اجزائی است که میان ساختارها مشابه شناخته شده است. این مجموعه برای یافتن شکل سه بعدی این ساختارها در کنار یکدیگر، در حالت تراز شده استفاده می شود. پس از یافتن شکل سه بعدی تراز شده ساختارها، می توان میزان انحراف مقدار مؤثر میان ساختارها را محاسبه کرد. همچنین می توان محاسبات پیچیده تری از قبیل تست فاصله کلی را انجام داد. [ ۲]
هم ترازسازی ساختاری، می تواند به عنوان هم ترازساز دنباله ای نیز استفاده شود، چرا که نقاطی که شکل سه بعدی ساختارها تطابق داشته اند، یعنی در دنباله تشکیل دهنده شان نیز تشابه وجود داشته است. ضمناً به کمک درصد اجزایی که در شکل فضایی با یکدیگر تطابق دارند می توان معیاری جهت مقایسه اینکه دو ساختار چقدر شبیه هستند، انجام داد.
این نوشته برگرفته از سایت ویکی پدیا می باشد، اگر نادرست یا توهین آمیز است، لطفا گزارش دهید: گزارش تخلفهم ترازسازی ساختاری می تواند برای مقایسه دو یا بیش تر از دو ساختار استفاده شود. از آن جایی که این روش از اطلاعات سه بعدی ساختارها استفاده می کند، این روش تنها روی ساختارهایی قابل اجرا است که شکل سه بعدی آن ها به طور کامل شناخته شده باشد. ساختارهای فضایی معمولاً به وسیله بلورشناسی پرتو ایکس یا طیف سنجی تشدید مغناطیسی هسته ای به دست می آیند.
به کمک این روش، این امکان وجود دارد که میان ساختار دقیق فضایی یک پروتئین و ساختار پیش بینی شده آن توسط روش های پیش بینی ساختار پروتئین، هم ترازسازی ساختاری انجام داد. از نتیجه این آزمایش می توان میزان دقت و درستی ساختارهای پیش بینی شده را ارزیابی کرد. [ ۱]
خروجی یک تراز ساختاری، یک ترکیب از مجموعه های مختصات اتمی و حداقل انحراف مقدار مؤثر بین ساختار هاست. حداقل انحراف مقدار مؤثر میزان واگرایی دو ساختار نسبت به یکدیگر را معین می کند، به این معنی که هر چه این اختلاف کمتر باشد، دو ساختار به یکدیگر شبیه ترند و در غیر این صورت تفاوت بیشتری با یکدیگر دارند.
کمترین داده تولید شده پس از این فرایند، مجموعه اجزائی است که میان ساختارها مشابه شناخته شده است. این مجموعه برای یافتن شکل سه بعدی این ساختارها در کنار یکدیگر، در حالت تراز شده استفاده می شود. پس از یافتن شکل سه بعدی تراز شده ساختارها، می توان میزان انحراف مقدار مؤثر میان ساختارها را محاسبه کرد. همچنین می توان محاسبات پیچیده تری از قبیل تست فاصله کلی را انجام داد. [ ۲]
هم ترازسازی ساختاری، می تواند به عنوان هم ترازساز دنباله ای نیز استفاده شود، چرا که نقاطی که شکل سه بعدی ساختارها تطابق داشته اند، یعنی در دنباله تشکیل دهنده شان نیز تشابه وجود داشته است. ضمناً به کمک درصد اجزایی که در شکل فضایی با یکدیگر تطابق دارند می توان معیاری جهت مقایسه اینکه دو ساختار چقدر شبیه هستند، انجام داد.
wiki: هم ترازسازی ساختاری