موتیف ساختاری

در پلیمرهای زیستی مانند پروتئین یا اسید نوکلئیک، موتیف ساختاری یک فوق ساختار دوم است که در بسیاری از مولکول های دیگر نیز دیده می شود. از آنجایی که این موتیف ها در پروتئین ها و آنزیم هایی که عملکرد یکسان ندارند ظاهر می شوند، نمی توان با استفاده از موتیف ها عملکردهای زیستی را پیشگویی کرد.
به دلیل اینکه رابطهٔ مستقیمی بین ساختار اول و ساختار سوم پلیمرهای زیستی وجود ندارد، ممکن است دو پلیمر دارای موتیف ساختاری یکسان باشند در حالی که ساختار اولشان متفاوت است. به بیان دیگر نباید موتیف ساختاری را با موتیف رشته ای اشتباه گرفت. همچنین وجود موتیف های رشته ای لزوماً بر ساختار متفاوت دلالت نمی کند. به طور مثال در اکثر موتیف های دی ان ای، فرض می شود که مولکول دی ان ای آن رشته از ساختار معمول دو رشته ای که برای دی ان ای ها در نظر گرفته شده، خارج نمی شود.
در پروتئین ها، موتیف های ساختاری معمولاً شامل چند عنصر می شوند؛ به طور مثال «مارپیج به مارپیچ» فقط سه عنصر دارد. توجه داشته باشید که هنگامی که رشته های فضایی همهٔ عناصر در همهٔ نمونه های موتیف یکسان است، آن ها ممکن است در هر ترتیبی از ژن مربوطه کد شده باشند. موتیف های ساختاری پروتئینی معمولاً شامل حلقه هایی با ساختار نامعلوم و طول متغیر می شوند. همچنین توجه داشته باشید به دلیل رابطهٔ پیچیدهٔ بین ساختار اول و سوم و همچنین متفاوت بودن سایز عنصرها در دو پروتئین، می توان نتیجه گرفت که حتی وقتی که دو ژن عناصر ساختار دوم موتیف را در ترتیب یکسان کد می کنند، ممکن است به رشته های متفاوت اسید آمینه منجر شود.
• سنجاق سری بتا
تا حد زیادی شناخته شده است. دو رشتهٔ غیرموازی بتا که با حلقهٔ کوچکی از اسید آمینه های بینشان به هم وصل شده اند.
• کلید یونانی
چهار رشتهٔ بتا که به شکل ساندویچی تا خورده اند.
• حلقه ی امگا
یک حلقه که قسمت های باقیمانده ای که ابتدا و انتهای حلقه را می سازند بسیار به هم نزدیکند.
• مارپیچ - حلقه - مارپیچ
از یک مارپیچ آلفا تشکیل شده که توسط رشتهٔ ممتدی از آمینو اسیدها محدود شده است. این موتیف در فاکتورهای رونویسی دیده می شود.
• مارپیچ - پیچ - مارپیچ
این موتیف هم از دو مارپیچ آلفا تشکیل شده که توسط رشتهٔ کوتاهی از اسیدهای آمینه به هم متصل شده اند.