متال گیر سالید ۲ پسران ازادی

داستان بازی، ۲ سال پس از ماجرای جزیره شادوموزز آغاز می شود. اسنیک و آتاکان هنوز به دنبال کشف متال گیرهای جدید هستند و می خواهند با تولید این سلاح های مرگبار مبارزه کنند. آنها به یک ناو نیروی دریایی آمریکایی مشکوک هستند. به همین دلیل اسنیک مخفیانه وارد آن می شود تا مدارکی را مربوط به وجود متال گیر در آن پیدا کند؛ ولی او با یک گروه کماندوهای روسی مواجه می شود که به ناو حمله می کنند و کنترل آن را به دست می گیرند. روس ها به دنبال دزدیدن متال گیر جدید هستند. پس از این که متال گیر به طور موفقیت آمیز به وسیله روس ها دزدیده شد، ناو غرق و اسنیک ناپدید می شود؛ ولی در محل غرق شدن ناو که در نزدیکی ساحل شهر نیویورک است، آلودگی شیمیایی خطرناکی ایجاد می شود که برای از میان بردن آن به سرعت سکوهایی در دنیا ساخته می شود تا با آلودگی ها مبارزه کند. داستان اصلی بازی، ۲ سال پس از این جریان و زمانی که دریا تقریباً از آلودگی پاک شده است ولی یک گروه تروریستی به نام فرزندان آزادی ( Sons of Liberty ) موفق می شوند با کمک کماندوهای روسی، سکو را تحت اختیار خود بگیرند و دولت را تهدید می کنند که سکو را منفجر و آلودگی های دریا را چند برابر می کنند. آنها رئیس جمهور را که در حال بازدید از سکو بوده، گروگان می گیرند و در قبال آزادی او پول درخواست می کنند. این بار هم به وسیله دولت، یک کماندو مزدور به سکو فرستاده می شود که رایدن نام دارد و شخصیت اصلی بازی است. در ادامه رایدن متوجه می شود که هیچ کدام از این داستان ها حقیقت ندارد و سکو اصلاً برای هدفی غیر از برطرف کردن آلودگی دریا، به وسیله دولت ساخته شده و تروریست ها با گروگان گرفتن رئیس جمهور هدف دیگری را دنبال می کنند.