شبکه تبارزایی

شبکه تبارزایی یا شبکه فیلوژنتیک نموداری است که برای نشان دادن ارتباط فرگشتی ( به صورت آشکار یا ناآشکار ) بین دنباله نوکلئوتیدها، ژن ها، کروموزوم ها، ژنوم ها، یا گونه ها استفاده می شود. شبکه تبارزایی زمانی مورد استفاده قرار می گیرد که شبکه ای از رخدادها مانند انتقال عمومی ژن، جفت گیری، تکثیر ژن و انقراض مورد بحث باشد. شبکه تبارزایی یک مدل کاملاً متفاوت با درخت تبارزایی هستند. به این معنی که ندهای هیبرید ( ند با دو والد ) به جای ندهای درختی ( ند با یک والد ) اضافه شده اند. [ ۱] درخت های تبارزایی یک زیرمجموعه از شبکه های تبارزایی هستند. شبکه های تبارزایی را می توان با نرم افزارهایی مانند SplitsTree به تصویر کشید. شکل استاندارد برای نمایش شبکه های تبارزایی استفاده از مدل Newick format است، که شبکه ها را به خوبی درختان پشتیبانی می کند. [ ۲]
چندین نوع و زیرمجموعه از شبکه های تبارزایی بر پایه پدیده های زیستی نمایش داده می شوند، یا تاریخ آن ها ساخته می شود ( مانند شبکه های هیبریدی معمولاً با استفاده از ریشه درخت ریشه دار ساخته می شوند، شبکه های جفت گیری از روی دنباله باینری، شبکه های میانه از روی یک مجموعه از splitها و … )
با استفاده از درختان فیلوژنتیک نمی توان پدیده های مربوط به خردفرگشت را نشان داد. برای مثال توزیع جغرافیایی جمعیت موش آبی یا ماهی از یک گونه خاص در میان شبکه رودخانه ها، زیرا یک گونه مرزی وجود ندارد که از انتقال ژن جلوگیری کند. برای دیدن شبکه های تبارزایی عمومی و کاربرد آنها، این مرجع را مشاهده کنید. [ ۳]
دو نوع شبکه تبارزایی وجود دارد:
شبکه های تبارزایی بدون ریشه: نمودار بدون جهتی می باشد که معمولاً برگ های آن را با آرایه ها برچسب گذاری می کنند. روش های پرکاربرد بسیاری برای یافتن و ترسیم این نوع شبکه ها وجود دارد مانند Split و Quasi - median.
شبکه های تبارزایی ریشه دار: یک گراف جهت دار غیرمدور و ریشه داری است که معمولاً برگ های آن را با آرایه ها برچسب گذاری می کنند.