ساختار دوم اسید نوکلئیک

ساختار دوم اسید نوکلئیک ( به انگلیسی: Nucleic acid secondary structure ) به برهم کنش بازهای جفت شده درون یک مولکول یا مجموعه ای از مولکول ها گفته می شود و می توان آن را به صورت لیستی از بازهای جفت شده با هم درون یک مولکول اسید نوکلئیک نشان داد. ساختار دوم دی ان ای و آران ای با یکدیگر متفاوت اند: مولکول دی ان ای به صورت مارپیچ دو رشته ای که همهٔ بازهای آن جفت شده اند وجود دارد و ساختار منظمی دارد، اما آران ای مولکولی تک رشته ای است و بازهای آن آزادند تا جفت بازهای پیچیده ای تشکیل دهند و به همین دلیل ساختار دوم و ساختار سوم پیچیده ای به خود می گیرد.
ساختار واقعی مولکول در طبیعت ساختار سوم یا همان شکل سه بعدی مولکول است و ساختار دوم در واقع یک ساختار انتزاعی و نگاشتی از ساختار سه بعدی در صفحه است.
در زیست شناسی مولکولی، به دو نوکلئوتید در رشته های دی ان ای و آران ای که توسط پیوند هیدروژنی به یکدیگر متصل شده اند، جفت باز گفته می شود. جفت بازهای معروف به واتسون - کریک، در دی ان ای، جفت شدن آدنین ( A ) با تیمین ( T ) و جفت شدن گوانین ( G ) با سیتوزین ( C ) می باشد. در آران ای، به جای تیمین، اوراسیل ( U ) قرار دارد. الگوهای دیگری نیز از تشکیل پیوند هیدروژنی بین بازها وجود دارد، مانند جفت بازهای ووبل و جفت بازهای هوگستین، که معمولاً در آران ای رخ می دهند و منجر به ایجاد ساختار سوم پیچیده ای برای مولکول می گردند.
هیبرید شدن، فرایند متصل شدن جفت بازهای مکمل است که یک ساختار مارپیچ دو رشته ای را تشکیل دهند. ذوب، فرایندی است که توسط آن برهم کنش بین دو رشته مارپیچ منقطع شده و منجر به جدا شدن دو رشته اسید نوکلئیک از یکدیگر می گردد. این پیوندها ضعیف بوده و به سادگی توسط حرارت بالا، آنزیم یا نیروی فیزیکی شکسته می شوند.
با مطالعه جفت شدن بازها در مولکول های مختلف مشاهده می کنیم که یک سری الگوهای کلی در ساختار دوم مولکلول های مختلف تکرار می شود. این الگوها در ساختار دوم اسید نوکلئیک به طور کلی به دو دسته مارپیچ ها و حلقه ها تقسیم می گردد. این الگوها و ترکیب های آن ها می توانند به دسته های مختلفی مانند مارپیچ دو رشته ای، حلقهٔ سنجاق سری و . . . دسته بندی شوند. عناصر تشکیل دهندهٔ ساختار دوم مولکول های اسید نوکلئیک را اغلب می توان به دو گروه کلی ساقه ها و حلقه ها تقسیم کرد.
مارپیچ دو رشته ای یک ساختار سوم مهم در مولکول های اسید نوکلئیک ها است که ارتباط نزدیکی با ساختار دوم مولکول دارد. یک مارپیچ دو رشته ای در مناطقی با تعداد زیادی جفت بازهای پی در پی تشکیل می گردد. در ساختار دوم، یک مارپیچ دو رشته ای به صورت یک ساقه از جفت بازها نمایان می شود.