دنباله موتیف

در ژنتیک یک دنباله موتیف الگویی از توالی نوکلئوتید یا آمینو اسید است. برای پروتئین ها توالی موتیف از طریق ساختار سه بعدی آمینو اسیدهای تشک.
مثال زیر یک موتیف N - گلیکوزیلاسیون است:
عبارت های سه حرفی آمده در بالا نام های اختصاری آمینواسیدها هستند.
زمانی که یک دنباله موتیف در اگزون یک ژن ظاهر می شود، ممکن است به صورت رمز "ساختاری موتیف" از یک پروتئین تفسیر گردد; که یک کلیشه عنصر از ساختار کلی از پروتئین است. با این وجود الزاماً موتیف به یک ثانویه ساختار خاص وابسته نیست. توالی های "Noncoding" به پروتئین ترجمه نمی شوند.
خارج از بخش اگزون ژن ها، دنباله موتیف های نظارتی وجود دارند. برخی از این ها بر شکل اسیدهای نوکلئیک ( نگاه کنید به عنوان مثال RNA خود پیرایش ) تاثیر می گدارند اما این تنها در مورد برخی از موارد صدق می کند. برای مثال بسیاری از پروتئین های متصل شونده به DNA دارای شکل خاصی هستند که باعث می شود بتوانند موتیف ها را در DNA تشخیص دهند و در آن نواحی به DNAمتصل شوند.
پژوهش گران برای یافتن موتیف ها از اطلاعات از ابزارهای موجود در بیوانفورماتیک که برای تحلیل اطلاعات کاربرد دارند ( مانند BLAST ) استفاده می کنند.
مثال زیر را که یک موتیف N - گلیکوزیلاسیون است، در نظر بگیرید:
این الگو را می توان به صورت N{P}{P} نمایش می دهند که در آن N = Asn, P = Pro, S = Ser, T = Thr; است. عبارت {X} به این معنی است که هر آمینواسیدی بجز X می تواند در این مکان قرار بگیرد. همچنین عبارت یعنی در این مکان یکی از آمینواسیدهای X یا Y می تواند قرار بگیرد. مشکل نشان گذاری این است که در آن نمی توان احتمال حضور هر کدام از آمینواسیدها را در این مکان نشان داد. بدین منظور می توان از نمایش sequence logo استفاده کرد.
روش های مختلفی برای نمایش دنباله موتیف وجود دارد، اما اکثر این روش ها از روش استاندارد عبارت باقاعده با قراردادهای زیر استفاده می کنند:
• نمادگذاری از حروف برای نمایش آمینواسیدها وجود دارد که در آن هر بک حرف نماد یک آمینواسید است.
• دنباله ای از حروف نشان دهنده ی دنباله ای از آمینواسیدهای مربوط به هر حرف است.
• به ازای دنباله ای از حروف که داخل براکت قرار گرفته اند، تنها یک آمینواسید که حرف آن در رشتهی داخل براکت ذکر شده، می تواند بیان شود. برای مثال  : به جای تنها آمینواسید متناظر با a یا b یا c می تواند بیان شود.