جمشید پرتوی

در صبحگاه روز ۲۱ اسفند ۱۳۷۳، خبر بستری شدن احمد خمینی منتشر شد. گزارش ها بعدی حاکی از آن بود که عارضه قلبی و تنفسی ناگهانی در حالت خواب سبب ایست کامل قلب و تنفس برای لحظاتی گردیده و همین امر موجب بروز سکته مغزی شده است. پس از پنج روز، تلاش تیم پزشکی نتیجه نبخشید و «احمد خمینی» در شامگاه ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ درگذشت.
بعد از مرگ ناگهانی احمد خمینی در ۲۵ اسفند ۱۳۷۳ که بر اساس اعلام منابع دولتی، بر اثر سکته قلبی اعلام شد، شایعاتی در مورد طبیعی نبودن مرگ وی وجود داشت، تا این که بعد از ماجرای قتل های زنجیره ای پاییز ۱۳۷۷ و بحث هایی که در این زمینه در مطبوعات ایران از سوی دوم خردادی ها و رقبایشان جریان داشت، عماد الدین باقی از چهره های مطبوعاتی، مدعی شد که سید حسن خمینی به وی گفته است که حجت الاسلام نیازی رئیس دادگاه نیروهای مسلح که پرونده رسیدگی به این ماجرا به وی سپرده شده بود، در دیداری با او ( سیدحسن خمینی ) گفته است که مجرمان قتل های زنجیره ای گفته اند که احمد خمینی توسط محفل قتل های زنجیره ای کشته شده است. این حرف ها را عمادالدین باقی در یک جلسه گفتگو و مناظره در جمع دانشجویان در اصفهان که قرار بود فلاحیان هم در آن شرکت کند اظهار داشته بود. این گفته او از سوی نیازی تکذیب شد و او به اتهام نشر اکاذیب تحت تعقیب قرار گرفت. عماد الدین باقی از سید حسن خمینی خواستار شد که در زمینهٔ درستی یا نادرستی گفته های او اظهار نظر کند؛ که سید حسن خمینی در نامه ای، درستی اظهارات عمادالدین باقی را تأیید کرد.
در بازجویی های سعید امامی، معاون امنیتی وزیر اطلاعات وقت و متهم قتل های زنجیره ای، آمده است که وی با اشاره به برخی انتقادات سید احمد خمینی به وضعیت موجود، گفته «متأسفانه حاج احمد آقا به راه یک طرفه بدی وارد شده بود که برگشت نداشت. وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را فلاحیان ( وزیر وقت اطلاعات و عضو فعلی خبرگان ) به من ابلاغ کرد مضطرب شدم و حتی به تردید فرورفتم. دو روز بعد همراه با فلاحیان به دیدار آیت الله مصباح رفتیم، آقایان محسنی اژه ای و بادامچیان هم آنجا بودند البته بعداً حاج آقا خوشوقت هم از بیت آمدند آنجا و نظر جمع بر این بود که نباید به کسانی که با ولی امر مسلمین خصومت می کنند، رحم کرد. »