بلاست ( به انگلیسی: BLAST ) نام یک نرم افزار کاربردی در علوم سلولی و مولکولی و ژنتیک است که مخفف واژگان Basic Local Alignment Search Tool یا ابزار پایه ای برای جستجوی برهم نهی های موضعی است. [ ۱] این ابزار قسمتی از مجموعهٔ اطلاعات کیفی مرکز ملی اطلاعات زیست فناوری است. [ ۲]
با این نرم افزار می توان توالی اسیدهای آمینه در پروتئین ها یا توالی نوکلئوتیدها را در DNA را با هم مقایسه کرد. این نرم افزار به پژوهشگر اجازه می دهد تا یک توالی را با توالی دیگر یا توالی که در بانک اطلاعاتی وجود دارد، مقایسه کند. شناسایی توالی های موجود در بانک اطلاعاتی که بیشترین شباهت را با توالی مورد نظر دارد از دیگر قابلیت های این نرم افزار است. بر حسب نوع توالی انواع مختلفی از بلاست امکان پذیر است. مثلاً اگر یک ژن ناشناخته در موش که قبلاً اطلاعاتی از آن در اختیار نبوده، باید بررسی شود، یک پژوهشگر ترجیح می دهد این توالی را با ژنوم انسان بلاست کند. این نرم افزار در NIH ( مؤسسه ملی بهداشت آمریکا ) طراحی شد. بلاست یکی از پرکاربردترین نرم افزارها در بیوانفورماتیک است که با سرعت مطلوب مقایسه مورد نظر را انجام می دهد. سرعت زمانی اهمیت خود را نشان می دهد که با ژنوم کامل روبرو باشیم. پیش از طراحی این نرم افزار مقایسه توالی ها بسیار وقت گیر بود.
به دلیل اینکه بلست مربوط به یکی از بنیادیترین مسائل بیوانفورماتیک است و سرعت خوبی دارد یکی از پر کاربردترین نرم افزارهای بیوانفورماتیک به حساب می آید. سرعت، مخصوصاً در کاربردهای واقعی روی پایگاه های دادهٔ بزرگ ژنوم امری حیاتی است.
پیش از ارائه الگوریتمهای سریعی مثل BLAST و FASTA جستجو در پایگاه های دادهٔ بزرگ برای دنباله های پروتئین یا نوکلئیک با استفاده از الگوریتمهای انطباق کامل مثل Smith - Waterman بسیار زمانگیر بود. BLAST از نظر زمانی کارآمد تر از FASTA است زیرا الگوهای مهمتر در دنباله را مورد جستجو قرار می دهد.
از BLAST در موارد زیر استفاده می شود:
• کدام گونه باکتریها پروتئینی دارند که از نظر اصل و نسب به پروتئینی با آمینواسید شناخته شده مرتبط باشد؟
• دنبالهٔ معلومی از DNAها از کجا سرچشمه گرفته اند؟
• کدام ژنهای دیگر پروتئینهایی را به وجود می آورند که ساختارشان با ساختارهایی که قبلاً مشخص شده است یکی باشد؟
الگوریتم بلاست و برنامهٔ کامپیوتری آن توسط Stephen Altschul, Warren Gish و David Lipman در مؤسسه ملی اطلاعات بیوتکنولوژی آمریکا ( NCBI ) ( شاخه ای از NIH ) و Web Myers در ایالت پنسیلوانیا و Gen Myers در دانشگاه Arizona پیاده سازی شد.
این نوشته برگرفته از سایت ویکی پدیا می باشد، اگر نادرست یا توهین آمیز است، لطفا گزارش دهید: گزارش تخلفبا این نرم افزار می توان توالی اسیدهای آمینه در پروتئین ها یا توالی نوکلئوتیدها را در DNA را با هم مقایسه کرد. این نرم افزار به پژوهشگر اجازه می دهد تا یک توالی را با توالی دیگر یا توالی که در بانک اطلاعاتی وجود دارد، مقایسه کند. شناسایی توالی های موجود در بانک اطلاعاتی که بیشترین شباهت را با توالی مورد نظر دارد از دیگر قابلیت های این نرم افزار است. بر حسب نوع توالی انواع مختلفی از بلاست امکان پذیر است. مثلاً اگر یک ژن ناشناخته در موش که قبلاً اطلاعاتی از آن در اختیار نبوده، باید بررسی شود، یک پژوهشگر ترجیح می دهد این توالی را با ژنوم انسان بلاست کند. این نرم افزار در NIH ( مؤسسه ملی بهداشت آمریکا ) طراحی شد. بلاست یکی از پرکاربردترین نرم افزارها در بیوانفورماتیک است که با سرعت مطلوب مقایسه مورد نظر را انجام می دهد. سرعت زمانی اهمیت خود را نشان می دهد که با ژنوم کامل روبرو باشیم. پیش از طراحی این نرم افزار مقایسه توالی ها بسیار وقت گیر بود.
به دلیل اینکه بلست مربوط به یکی از بنیادیترین مسائل بیوانفورماتیک است و سرعت خوبی دارد یکی از پر کاربردترین نرم افزارهای بیوانفورماتیک به حساب می آید. سرعت، مخصوصاً در کاربردهای واقعی روی پایگاه های دادهٔ بزرگ ژنوم امری حیاتی است.
پیش از ارائه الگوریتمهای سریعی مثل BLAST و FASTA جستجو در پایگاه های دادهٔ بزرگ برای دنباله های پروتئین یا نوکلئیک با استفاده از الگوریتمهای انطباق کامل مثل Smith - Waterman بسیار زمانگیر بود. BLAST از نظر زمانی کارآمد تر از FASTA است زیرا الگوهای مهمتر در دنباله را مورد جستجو قرار می دهد.
از BLAST در موارد زیر استفاده می شود:
• کدام گونه باکتریها پروتئینی دارند که از نظر اصل و نسب به پروتئینی با آمینواسید شناخته شده مرتبط باشد؟
• دنبالهٔ معلومی از DNAها از کجا سرچشمه گرفته اند؟
• کدام ژنهای دیگر پروتئینهایی را به وجود می آورند که ساختارشان با ساختارهایی که قبلاً مشخص شده است یکی باشد؟
الگوریتم بلاست و برنامهٔ کامپیوتری آن توسط Stephen Altschul, Warren Gish و David Lipman در مؤسسه ملی اطلاعات بیوتکنولوژی آمریکا ( NCBI ) ( شاخه ای از NIH ) و Web Myers در ایالت پنسیلوانیا و Gen Myers در دانشگاه Arizona پیاده سازی شد.
wiki: بلاست