بایو پایتون ( به انگلیسی: Biopython ) یک مجموعهٔ متن باز از ابزارهای غیر تجاری پایتون در زمینهٔ زیست شناسی محاسباتی و بیو انفورماتیک است. [ ۱] این مجموعه توسط جمعی از توسعه دهندگان با ملیت های متفاوت توسعه یافته است.
این مجموعه شامل کلاس هایی برای نمایش فرایندهای زیستی و نمایش ریاضی این فرایند هاست. این مجموعه قادر به خواندن و نوشتن قالب های متنوعی از فایل هاست. همچنین این مجموعه رابطی برای اتصال به پایگاه های داده ی زیستی برخط مانند پایگاه های NCBI را از طریق برنامه نویسی ارائه می کند. افزونه های متعددی، توانایی های بایوپایتون را به مواردی مثل هم ترازی فرایند، ساختار پروتئین، ژنتیک جمعیت، تکامل نژادی، شماهای فرایند و یادگیری ماشین توسعه داده اند. بیوپایتون یکی از پروژه های زیستی است که با هدف کاهش تکرار کد در زیست شناسی محاسباتی ایجاد شده است.
توسعهٔ بایوپایتون در سال ۱۹۹۹ شروع شد و اولین نسخهٔ آن در ژوئیه ۲۰۰۰ منتشر گردید. در زمان توسعهٔ این مجموعه، مجموعه های مشابه دیگری نیز توسعه یافتند که توانایی هایی در زمینهٔ بیو انفورماتیک را به زبان های برنامه نویسی شان افزودند؛ از آن ها می توان بایوپِرل ( به انگلیسی: BioPerl ) ، بایورابی ( به انگلیسی: BioRubby ) و بایوجاوا ( به انگلیسی: BioJava ) را نام برد. اولین توسعه دهندگان این پروژه جف چانگ، اندرو دالک و برد چپمن بودند با این وجود تا امروز بیش از ۱۰۰ نفر در توسعه و نگهداری این پروژه مشارکت داشته اند. در سال ۲۰۰۷ یک پروژهٔ مشابه پایتون به نام PyCogent نیز به ثبت رسید
حیطهٔ اولیهٔ بایوپایتون شامل دسترسی، نمایه گذاری و پردازش فایل های فرایندهای زیستی است. با اینکه این موضوع هنوز هم یک هدف اصلی بایوپایتون است، طی چندین سال گذشته، افزونه های متعددی که برای آن عرضه شده اند، حیطهٔ توانایی های آن را برای پوشش مباحث زیستی دیگری افزایش داده اند ( بخش ویژگی های کلیدی و نمونه را مشاهده کنید ) .
از نسخهٔ ۱٫۶۲ به بعد، بایوپایتون علاوه بر پایتون ۲ اجرا بر روی پایتون ۳ را نیز پشتیبانی می کند.
هر جا که ممکن بوده بایو پایتون از قالب و روش زبان برنامه سازی پایتون برای تعامل با کاربر استفاده کرده است تا استفاده از آن برای کاربران آشنا به این زبان برنامه سازی آشنا باشد. به عنوان مثال اشیای Seq و SeqRecord را می توان با تکه کردن آن ها و دقیقاً مثل stringها و listهای پایتون تغییر داد. این پروژه همچنین طوری طراحی شده که به لحاظ عملکرد مشابه سایر پروژه های زیستی مثل BioPerl باشد.
این نوشته برگرفته از سایت ویکی پدیا می باشد، اگر نادرست یا توهین آمیز است، لطفا گزارش دهید: گزارش تخلفاین مجموعه شامل کلاس هایی برای نمایش فرایندهای زیستی و نمایش ریاضی این فرایند هاست. این مجموعه قادر به خواندن و نوشتن قالب های متنوعی از فایل هاست. همچنین این مجموعه رابطی برای اتصال به پایگاه های داده ی زیستی برخط مانند پایگاه های NCBI را از طریق برنامه نویسی ارائه می کند. افزونه های متعددی، توانایی های بایوپایتون را به مواردی مثل هم ترازی فرایند، ساختار پروتئین، ژنتیک جمعیت، تکامل نژادی، شماهای فرایند و یادگیری ماشین توسعه داده اند. بیوپایتون یکی از پروژه های زیستی است که با هدف کاهش تکرار کد در زیست شناسی محاسباتی ایجاد شده است.
توسعهٔ بایوپایتون در سال ۱۹۹۹ شروع شد و اولین نسخهٔ آن در ژوئیه ۲۰۰۰ منتشر گردید. در زمان توسعهٔ این مجموعه، مجموعه های مشابه دیگری نیز توسعه یافتند که توانایی هایی در زمینهٔ بیو انفورماتیک را به زبان های برنامه نویسی شان افزودند؛ از آن ها می توان بایوپِرل ( به انگلیسی: BioPerl ) ، بایورابی ( به انگلیسی: BioRubby ) و بایوجاوا ( به انگلیسی: BioJava ) را نام برد. اولین توسعه دهندگان این پروژه جف چانگ، اندرو دالک و برد چپمن بودند با این وجود تا امروز بیش از ۱۰۰ نفر در توسعه و نگهداری این پروژه مشارکت داشته اند. در سال ۲۰۰۷ یک پروژهٔ مشابه پایتون به نام PyCogent نیز به ثبت رسید
حیطهٔ اولیهٔ بایوپایتون شامل دسترسی، نمایه گذاری و پردازش فایل های فرایندهای زیستی است. با اینکه این موضوع هنوز هم یک هدف اصلی بایوپایتون است، طی چندین سال گذشته، افزونه های متعددی که برای آن عرضه شده اند، حیطهٔ توانایی های آن را برای پوشش مباحث زیستی دیگری افزایش داده اند ( بخش ویژگی های کلیدی و نمونه را مشاهده کنید ) .
از نسخهٔ ۱٫۶۲ به بعد، بایوپایتون علاوه بر پایتون ۲ اجرا بر روی پایتون ۳ را نیز پشتیبانی می کند.
هر جا که ممکن بوده بایو پایتون از قالب و روش زبان برنامه سازی پایتون برای تعامل با کاربر استفاده کرده است تا استفاده از آن برای کاربران آشنا به این زبان برنامه سازی آشنا باشد. به عنوان مثال اشیای Seq و SeqRecord را می توان با تکه کردن آن ها و دقیقاً مثل stringها و listهای پایتون تغییر داد. این پروژه همچنین طوری طراحی شده که به لحاظ عملکرد مشابه سایر پروژه های زیستی مثل BioPerl باشد.
wiki: بایوپایتون