بانک داده پروتئین

در زیست شناسی، بانک داده پروتئین ( به انگلیسی: Protein Data Bank ) ( به اختصار PDB ) منبعی برای ساختارهای پروتئینیآزمایشگاهی و اسیدهای نوکلئیک است. هدف اکثر بانک های داده ساختار پروتئین عبارت است از؛ دسترسی جامعه زیست شناسان به داده های آزمایشی، به منظور ساماندهی و تفسیر ساختار پروتئین ها. داده های موجود در پایگاه داده های ساختار پروتئین اغلب شامل مختصات سه بعدی و همچنین اطلاعات آزمایشگاهی از قبیل ابعاد سلول و زوایای ساختارهای تعیین شده توسط بلورنگاری پرتو - ایکس یا بیناب نمایی ان ام آر می باشد. مدیریت این بانک داده با سازمانی به نام بانک داده جهانی پروتئین ( wwPDB ) است. اما در ادامه لیستی از سایر بانک های داده موجود آورده شده است.
بانک داده جهانی پروتئین ( به انگلیسی:Worldwide Protein Data Bank ) ( به اختصار: wwPDB ) سازمانی جهانی ست که مأموریت آن حفظ یک بایگانی واحدِ بانک داده پروتئینی از داده های ساختاری ماکرومولکولی است و آن را به طور آزاد در دسترس جامعه جهانی قرار می دهد. در این پایگاه اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی ماکروملکول های زیستی ذخیره شده است. آرشیو PDB توسط مؤسسه بینلمللی worldwide Protein Data Bank - wwPDB اداره می شود. مؤسسات زیر بنیانگذاران wwPDB هستند:
• بانک داده های پروتئین در اروپا ( به انگلیسی: Protein Data Bank in Europe - PDBe )
• بانک داده های پروتئین در ژاپن ( به انگلیسی:Protein Data Bank in Japan - PDBj )
• گروه پژوهشیِ بیوانفورماتیک ساختاری ( به انگلیسی:Research Collaboratory for Structural Bioinfomartics - RCSB )
• بانک رزونانس مغناطیسی زیستی ( به انگلیسی:Biological Magnetic Resonance Bank - BMRB )
• پایگاه داده حرکات درشت مولکولی ( به انگلیسی: Database of Macromolecular Movements[ ۱] ) : حرکات درشت مقیاس پروتئین ها و سایر درشت مولکول ها را با استفاده از فیلم نمایش می دهد. بعلاوه، انواع ابزارها و سرورهای نرم افزاری رایگان برای تجزیه و تحلیل ساختاری دراختیار مخاطب قرار می دهد.
• RCSB:[ ۲] این منبع از پایگاه داده PDB تهیه شده است. اطلاعات مربوط به اشکال سه بعدی پروتئین ها، اسیدهای نوکلئیک و ساختارهای پیچیده که به دانشجویان و محققان کمک می کند تا همه جنبه های زیست پزشکی و کشاورزی را درک کنند، از سنتز پروتئین گرفته تا سلامت و بیماری.
• پروتِپریا: یک دائرةالمعارف سه بعدی برای پروتئین و سایر مولکول هاست، که در آن صفحه ای برای هرPDB دارد.
• PDBSum:[ ۳] یک پایگاه داده تصویری است که یک نگاه اجمالی به مطالب هر ساختار سه بعدی سپرده شده در PDB ارائه می دهد. ساختارهای مولکولی را ( یعنی زنجیره های پروتئین، DNA، لیگاند و یون های فلزی ) به همراه نمودارهای شماتیک از تعامل بین آنها را نشان می دهد.
• بانک داده جهت گیری پروتئین ها در غشاها ( OPM ) : پایگاه داده ای که برای موقعیت فضایی ساختارهای پروتئین غشایی نسبت به دولایه لیپیدی فراهم می کند.
• لمکدهٔ پروتئین ( ProteinLounge[ ۴] ) : علاوه بر اینکه مانند سایر بانک اطلاعاتی پروتئین شامل تصاویری از ساختار پروتئین است، همچنین، شامل مسیرهای پروتئینی و توالیهای ژن نیز هست.