اژدها وارد می شود

در آغاز فیلم گفته می شود که این فیلم براساسِ یک داستان واقعی تهیه شده است. مصاحبه با افراد گوناگون، از جمله خودِ مانی حقیقی، این گمان را تقویت می کند و عنوان می شود ماجرای فیلم، داستان صدابردار فیلم خشت و آینه ساختهٔ پدربزرگِ مانی حقیقی، ابراهیم گلستان، است و در فیلم گفته می شود یک گروه سینمایی با دسترسی به این داستان در تلاش است تا فیلمِ داستانی تهیه کند.
دوم بهمن ماه ۱۳۴۳ است، یک شورلت ایمپالای نارنجی رنگ از قبرستان باستانی می گذرد و به سمت کشتیِ به خاک نشسته ای می راند. فیلم دربارهٔ مرگِ یک تبعیدی در جزیره قشم است که در فیلم گفته می شود مارکسیست - لنینیست است. یک مأمور ساواک برای بررسیِ قتل به قشم می رود و متوجه می شود که این تبعیدی کشته شده است. او در این جزیره با پدیدهٔ عجیبی روبه رو می شود. پس از دفنِ هر جنازه ای در یک گورستان متروک، زلزله رخ می دهد. در فیلم گفته می شود که اژدهایی در زیر گورستان زندگی می کند ( عنوان فیلم نیز در این ارتباط انتخاب شده است ) . او به کمکِ دو دوستِ زمین شناس و صدابردار خود بار دیگر به جزیره می رود تا راز این موضوع را کشف کند. در آن جا ماجراهای دیگر اتفاق می افتند که سرانجام سرنوشتِ سه دوست را به گونه ای شوم رقم می زنند.
در ادامهٔ فیلم، متوجه می شوند که فرد مارکسیست با دختر یکی از محلی ها ( حلیمه ) ارتباط جنسی برقرار کرده و پدر دختر برای انتقام او را می کشد و خودکشی را صحنه سازی می کند و چارکی ( ساواکی مستقر در قشم ) نیز این داستان را مخفی می کند. چند روز بعد حلیمهٔ حامله را در سردخانهٔ کشتی پیدا می کنند و بچهٔ او را وضع حمل می کنند؛ ولی حلیمه جانِ خود را از دست می دهد و این سه دوست بچهٔ او را بزرگ می کنند. در انتها ساواک از ادامهٔ تحقیقاتِ این سه دوست جلوگیری می کند و می خواهد آن ها را به قتل برساند. آن ها متوجه می شوند و یکی از آن ها، در حالِ فرار از دست ساواک، کشته می شود، یکی از ایران فرار می کند و آن دیگری در موشک باران درمی گذرد.