انزیم ای کو ار ۱

آنزیم ای کو آر ۱. آنزیم ای کو آر ۱ ( به انگلیسی: EcoRI، که در آن Eco مخفف نام باکتری اشریشیا کلی است و I نشانهٔ عددِ یک ) آنزیمی در باکتری اشریشیا کولی، از سویهٔ آر ( به انگلیسی: R ) است که اولین آنزیم از نوع خود است که از این باکتری جدا شده است. ایکو آر یک آنزیم محدودکننده است که دو رشته ای را در نواحی خاصی برش می زند و آن را به قطعاتی تبدیل می کند. همچنین این آنزیم بخشی از سیستم تغییر محدودیت است.
در زیست شناسی مولکولی از این آنزیم به عنوان یک آنزیم محدودکننده استفاده می شود. ای کو آر ۱ انتهای چسبنده ای با ۴ نوکلئوتید ( شامل بازهای AATT است ) را ایجاد می کند. این آنزیم توالی G / AATTC را شناسایی کرده و برش می دهند. آنزیم های محدودکننده دیگر، بسته به موقعیت برش خود، می توانند انتهای چسبنده ۳' یا انتهای صاف ( blunt ) ایجاد کنند.
EcoRI مانند بسیاری از آنزیم های اندونوکئاز دیگر شامل موتیف PD. . D/EXK[ ۱] در جایگاه فعال خود می باشد.
EcoRI یک هومودایمر با یک زیر واحد ۳۱ کیلودالتونی است که متشکل از یک دمین کروی دارای ساختارهای α / β است. هر زیر واحد شامل یک لوپ است که از این دمین کروی بیرون زده است و به دور DNA می پیچد. [ ۱] [ ۲] ساختار کریستاله نشان می دهد که زیر واحدهای همودایمر این آنزیم به صورت متقارن با DNA در ارتباط هستند. [ ۱] در این مجموعه، دو مارپیچ α از هر زیر واحد به سمت هم می آیند تا یک دستهٔ چهار مارپیچی را تولید کنند. [ ۳]
آنزیم های محدودکننده مانند EcoRI، در طیف گسترده ای از تکنیک های ژنتیک مولکولی از جمله شبیه سازی، غربالگری DNA و حذف بخش های از DNA استفاده می شوند. به منظور برش DNA اغلب از آنزیم های محدودکننده مانند EcoRI، که انتهای چسبنده تولید می کنند، استفاده می شود چرا که انتهای چسبنده، واکنش ligation را کارآمدتر می کند. EcoRI می تواند موقعیت های غیر اختصاصی خود را هم بسته به شرایط موجود در واکنش برش دهد. به این ویژگیstar activity ( تغییر اختصاصیت ) گفته می شود. غلظت پایین نمک، غلظت بالای گلیسرول، مقادیر بیش از حد آنزیم موجود در واکنش، pH بالا و آلودگی با برخی از حلال های آلی می تواند این نوع فعالیت را در هنگام استفاده از EcoRI القاء کند. [ ۴]